Os objectivos que definem a filosofia e nos quais se sustenta a sua missão, são:
Identificação e análise das Melhores Práticas de Gestão Ambiental e de Responsabilidade Social realizadas no sector sanitário a nível mundial.
Estudo e avaliação da viabilidade das práticas identificadas.
Promoção e impulso para a implementação de ditas práticas nos centros sanitários que formam parte da FIBAO, assim como o estabelecimento de convénios de colaboração e procura de financiamento.
Difusão periódica da informação mais relevante relacionada com o meio ambiente, desenvolvimento sustentável e responsabilidade social no âmbito sanitário assim como aquela associada ao seguimento das melhores práticas desenvolvidas especificamente no sector sanitário e as desenvolvidas noutros sectores mas cuja aplicação pode ser analisada e considerada.